自己整合的lamp中mysql查询时间 比 xampp中的mysql 慢了一倍左右

公司有一台windows服务器 ，用的xampp整和包。现在公司又添加一台服务器，我用的是自己整合的lamp ,都是分开的源码安装  。2个相同的服务器 。 4G内存 ，8核CPU的IBMx3550。

完成后，用phpmyadmin 进入数据库 ，用的是phpmyadmin 的搜索功能 测试 数据库的查询时间。

问题出现了：用xampp的查询速度 比 我Linux自己整合的 快了整整一倍多。 找了2天找不到原因，请各位大侠指点。

注：
mysql  
 ./configure --prefix=/usr/local/mysql --with-plugins=innobase --with-charset=utf8 --with-extra-charsets=all --enable-assembler 

php   
 ./configure --prefix=/usr/local/php --with-apxs2=/usr/local/apache2/bin/apxs --with-mysql=/usr/local/mysql --with-libxml-dir=/usr/local/libxml2 --with-gd=/usr/local/gd2 --with-jpeg-dir=/usr/local/jpeg6 --with-zlib-dir=/usr/local/lib --with-png-dir=/usr/local/png --with-freetype-dir=/usr/local/freetype --enable-xml --enable-mbstring --enable-sockets --with-mcrypt=/usr/local/include --with-openssl-dir=/usr/local/ssl --with-openssl=/usr/local/ssl --enable-soap 

//my.cnf

port            = 3306
socket          = /tmp/mysql.sock
skip-locking

max_connections = 1000
max_connect_errors = 10

table_cache  = 2048


key_buffer = 512M
sort_buffer_size = 8M

max_allowed_packet = 64M

table_open_cache = 512

join_buffer_size = 8M

binlog_cache_size = 1M

max_heap_table_size = 128M

tmp_table_size=256M

thread_stack = 256K
thread_cache_size = 16
thread_cache = 8

query_cache_size = 512M

key_buffer_size = 512M
read_buffer_size = 8M
read_rnd_buffer_size = 16M
bulk_insert_buffer_size = 16M

myisam_sort_buffer_size = 128M
myisam_max_sort_file_size = 4G
myisam_repair_threads = 1