Linux 用sra-toolskit将从NCBI中下载的sra文件转化为fastq文件失败

sky_m 发布于 2017/07/17 17:02
阅读 975
收藏 0

首先下载sratoolkit:wget "http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz,

解压到当前目录:tar -xzf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz

设置环境变量 export PATH=$PATH:/home/D/database/sratoolkit.current-centos_linux64/bin

配置,切换到bin目录,运行./vdb-config -i,允许下载NCBI上的数据

从NCBI上下载数据 到home/D/database

wget ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP%2FSRP055%2FSRP055992/SRR1871486/SRR1871486.sra

在bin目录下运行./fastq-dump /home/D/database/SRR1871486.sra

结果:

不运行,也没显示错误。。

 

运行这个也没反应

求解啊!!!

加载中
0
pursue9190
pursue9190

fastq-dump [options] <path/file> [<path/file> ...]

试试

./fastq-dump -X 5 -Z /home/D/database/SRR1871486

返回顶部
顶部