Linux操作系统关于集群的安装与并行计算

范堡 发布于 2009/05/23 12:52
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1.linux安装
安装过程就不多说了。需要注意的是安装时,如果机群不与外界联网则可以不考虑安全
方面的因素而把rsh选为可信赖的服务,注意安装相应的软件包;如果还要与外界保持联
网,出于安全需要应把ssh选为可信赖的服务。安装以后,应该保证各节点之间能够用s sh相互登录。每个节点的sshd都应该能正常提供服务。主机名:node1...noden (我所构
建的系统n=2) 2.创建NFS服务
在服务器节点public目录下建立mpi目录,并将其配置成NFS服务器,在/etc/exports文
件中加入一行:
/public/mpi node1(rw) node2(rw) 在客户端节点的/etc/fstab文件中增加一行:
sever :/pubilc/mpi nfs rw , bg , soft 0 0 将/public/mpi这个目录从服务器节点输出,并装载在各客户端,从而便于在各节点间分
发任务
3.修改/etc/hosts文件,将所有节点名称极其ip地址填入。例如:
127.0.0.1 localhost.localdomain localhost 192.168.1.1 node1 192.168.1.2 node2 ……………………. 每个节点都进行类似的配置。这样做的目的是使节点之间能够通过node1 ... noden的名
称相互访问。你可以通过ping noden 或 ssh noden进行测试。
4.修改(或创建)/etc/hosts.equiv文件
将所有你允许访问本机进行mpi计算的机器名填入,一行一个机器名。这一步是为了使节
点对其它的节点放权。
例如,我的node1是我用于启动mpi集群计算的机器,其他的节点是参与计算者,在node 1的/etc/hosts.equiv文件是这样的:
node1 #给自己放权,这样在只有一台机器时也可以模拟并行计算环境
node2 ..... noden 在node2...noden的/etc/hosts.equiv文件:
node1 #对node1放权
node2 ...... noden 5.修改~/.bash_profile文件
首先决定一个用于启动集群计算的用户名,不提倡使用root进行集群计算。这里在每个
节点上建立新用户chief,他们的主目录都是/home/chief,必须采用同样的密码,将来
的计算程序必须放在相同的路径上。譬如你的程序为:fpi.f和a.out,则必须把a.out放
在同样的路境内,比如~/mpirun/a.out,每个节点都是如此。 修改~/.bash_profile文
件,主要是加入下列几行脚本:
export PATH=$PATH:/usr/local/mpich/bin export MPI_USEP4SSPORT=yes export MPI_P4SSPORT=22 export P4_RSHCOMMAND=rsh 或ssh 这里我们预定了将来mpich的运行环境安装在目录/usr/local/mpich下面。其余的三个变
量是用来通知mpi运行环境采用rsh(或ssh)来作为远程shell。linux的运行环境到此就配
置完毕了。
6.配置rsh 或ssh 对于采用rsh来作为远程shell运行MPI的用户只要保证在各个节点上都具有相同的用户,
并把这一用户的密码设为空密码就可以运行了。
若采用ssh作为远程shell则按如下配置:以你设定的用于启动mpi计算的用户登录,运行
ssh-keygen,这将生成一个私有/公开密钥对,分别存放在~/.ssh/identity和~/.ssh/i dentity.pub文件内。然后进行访问授权,运行:
cp ~/.ssh/identity.pub ~/.ssh/authorized_keys chmod go-rwx ~/.ssh/authorized_keys ssh-agent $SHELL ssh-add 在每个节点重复一遍。试着在某一节点上登录其它节点,ssh noden,则在.ssh/下生成
一个known_hosts2文件,里面放着访问该主机的密钥,把所有密钥收集起来,在各个节
点上作同样的拷贝。这样做的目的是使各节点相互之间访问无需输入密码。
7.开启各项必需的服务
如果是以根用户root 登陆系统的则可以用ntsysv命令启动ntsysv实用程序。ntsysv 实
用程序允许使用简单的菜单界面启动或关闭各种运行等级的服务。在其中我们选择开启
rsh ,rlogin,telnet等。也可以关闭一些服务以加快启动速度如sendmail。
如果是使用su命令转为root用户的则很可能运行ntsysv并不出现ntsysvs实用程序。此时
可以直接去修改/etc/xinetd.d下的rlogin, rsh ,telenet的设置。用vi编辑器打开xin etd.d: vi /etc/xinetd.d 则可看到如下所示的配置文件:

关于rsh的设置如下
# default: off # description: The rshd server is the server for the rcmd(3) routine and, \ # consequently, for the rsh(1) program. The server provides \ # remote execution facilities with authentication based on \ # privileged port numbers from trusted hosts. service shell { disable = yes socket_type = stream wait = no user = root log_on_success += USERID log_on_failure += USERID server = /usr/sbin/in.rshd } 关于rlogin的设置如下
# default: off # description: rlogind is the server for the rlogin(1) program. The server \ # provides a remote login facility with authentication based on \ # privileged port numbers from trusted hosts. service login { disable = yes socket_type = stream wait = no user = root log_on_success += USERID log_on_failure += USERID server = /usr/sbin/in.rlogind } 关于telnet的设置如下
# default: off # description: The telnet server serves telnet sessions; it uses \ # unencrypted username/password pairs for authentication. service telnet { disable = yes flags = REUSE socket_type = stream wait = no user = root server = /usr/sbin/in.telnetd log_on_failure += USERID }
所有这些服务在安装完系统之后都是默认为禁用的,要进行修改来打开这些服务。如要
通过修改启动telenet则就需要改disable = yes为disable = no。对于其他的服务的启
动的修改与之相同。若启动这些服务则只需要简单执行:
#/etc/rc.d/init.d/xinetd restart 或重起计算机就可以使所作的更改生效。
8.在服务器节点编译、安装Fortran90编译器
先将Fortran90(我用的是Intel的)编译器拷贝至/tmp下,然后用tar xvfz fortran90 .tar.gzj解压缩。运行
./install 选择你所要安装的类型,如果你的机器是基于IA-32,就选择1。如果你的机器是基于It anium(TM)-based system就选择2。如果要停止安装,就选择X。选择过之后安回车进入
下一步,此时会要求你选择 : 1.Intel(R) Fortran Complier for 32-bit Applications,Version 6.0 build 020312Z 2.2.Linux Applicationdebugger for 32-bit Applications,Version 6.0 buid 20020 x. Exit 按顺序选择1和2,最后选择X 完成安装并退出。在选择完1之后会要求你看版权声明,
输入Accept继续安装。默认的安装路径为/opt/intel,选择默认路径按Enter继续。选2之
后的情形与1相同。如果不注册可以用90天。
9.在服务器节点编译、安装mpich 1.2.3 将mpich 1.2.4:ftp://ftp.mcs.anl.gov/pub/mpi/mpich.tar.gz。拷贝到一个临时目录
下,放在/tmp下了。用root用户登录进行编译安装。
(1). 对mpich的安装进行预处理:
首先,用tar xvfz mpich.tar.gz解压。生成mpich-1.2.3目录。切换到mpich-1.2.3目录
。运行预处理:
./configure --prefix=/usr/local/mpi --对应于用rsh进行远程登录的系统
./configure --prefix=/usr/local/mpi -rsh=ssh --对应于用ssh进行远程登录的
系统
这里我们通知编译系统mpich的安装位置为/usr/local/mpich,运行环境的远程shell为
rsh或ssh。
(2).编译:
make 运行此命令后mpich软件包会自动编译形成MPI系统的函数库,需要数分钟的时间,根据
不同的机器可以略有不同。
(3).安装:
make install 运行此命令可以将MPI软件包安装到由./configure --prefix选项指定MPICH安装目录即
/usr/local/mpi 修改文件/usr/local/mpi/share/util/machines/machines.LINUX。如下:
node1 ndoe2 ...... ndoen 这一步是通知mpich运行环境都有那些节点可供集群计算。每个节点都这样输入一遍。
(4).测试安装是否正确
在/usr/local/mpi/examples/basics下编译cpi.c: make cpi 用命令行:
../../bin/mpirun -np 2 cp 运行。将会获得如下信息。
Processes 0 on node1 Processes 1 on node2 ……..……………….. 如果能正常运行即证明mpich软件包安装完全成功。

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