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软件简介

Canu 源于 Celera Assembler,设计用于高噪声单分子测序工具,比如 PacBio RSII 和 Oxford Nanopore MinION。

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发表于AI & 大数据专区
2019/11/25 17:30

nanopore测序技术专题(二十二):利用canu拼接nanopore测序数据

本文分享自微信公众号 - 小明的数据分析笔记本(gh_0c8895f349d3)。 如有侵权,请联系 support@oschina.cn 删除。 本文参与“OSC源创计划”,欢迎正在阅读的你也加入,一起分享。

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2020/09/23 16:22

BCS三代基因组装最佳实践

阿里云最佳实践频道:【点击查看更多上云最佳实践】 这里有丰富的企业上云最佳实践,从典型场景入门,提供一系列项目实践方案,降低企业上云门槛的同时满足您的需求! 场景描述 本文介绍如何基于批量计算服务提供的WDL-Canu解决方案,进行三代基因组组装的最佳实践。 解决问题 不更改Canu的使用习惯,基于云基础设施环境在云端进行三代组装。 充分利用云端基础设施弹性、灵活的优势。 以Workflow Description Language(WDL)优...

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发表于AI & 大数据专区
2020/08/12 16:36

文献笔记二十九:银合欢(Leucaena trichandra)线粒体基因组

文章题目 PacBio-Based Mitochondrial Genome Assembly of Leucaena trichandra (Leguminosae) and an Intrageneric Assessment of Mitochondrial RNA Editing 发表期刊、单位、年份 GBE Genome Biology and Evolution Accepted: August 17, 2018 New Mexico State University Department of Systematic and Evolutionary Botany, University of Zurich, Switzerland(苏黎世大学) 论文本地存储名:evy179.pdf 现阶段还是重点关...

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2019/05/14 15:46

三代测序及基于三代数据的基因组组装流程评估

三代测序及基于三代数据的基因组组装流程评估 2018-04-04 12:13 名词解释 1D:ONT平台仅测一个DNA分子的一条链,测序通量比2D高但准确率低于2D序列。 2D:bi-directional reads即ONT平台测DNA分子的正负两链并互相矫正合并的测序数据。 OLC:Overlap-Layout-Consensus算法,先查找全部序列的重叠区域(overlap),基于重叠区域可以获得全部序列的布局图(layout),最终依此预测一致性序列(consensus),该算法为一/三代测序(...

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2019/10/18 09:56

使用wtdbg利用三代数据进行基因组de novo组装

相较于其他三代四代数据组装软件(Canu(也可用于纠错),smartdenovo,miniasm,Flye,TULIP,FALCON,FALCON-unzip等) wtdbg有如下优点: 安装运行简单 (可用run_wtdbg_assembly.sh脚本生成运行脚本),运行速度快, 运行内容:一步组装,两轮纠错 “--edge-min”值对基因大小影响特别大,在基因组复杂度低和测序深度大的情况下可提高该值,可降低运行内存和运行时间。(仅进行第一轮组装) [2] wtdbg2软件使用[2,3]: 提供参数...

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发表于AI & 大数据专区
2020/01/04 22:59

文献笔记三十三:结合二代三代测序数据组装叶绿体基因组

文章 Assembly of chloroplast genomes with long- and short-read data: a comparison of approaches using Eucalyptus pauciflora as a test case 2018 BMC Genomics Australian National University 研究内容 以Eucalyptus pauciflora为例,探索组装叶绿体基因组最有效的方法 DNA提取测序 二代测序 leaves total DNA 150bp paired-end sequencing with a roughly 400 bp insert size 质控 三代测序 High molecular weight DN...

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2019/11/21 14:09

Jetson Nano系统配置记录

本文是之前配置jetson nano时自己做的记录,发出来也是为了方便自己以后查看。 没有为了发博客专门整理,有些地方也许会对别人不适用。 本人在配置过程中也看了很多东西,有的有用,有的没用。整理的这些也是自己试过可以成功配置的方法,感兴趣的看下参考就好了。 1 硬件 拆散热器——>装网卡(天线看情况选装,无外壳先不装了)——>装散热器——>装风扇——>风扇接电。 用跳线帽插在J48引脚上,以使用DC电源。 接键鼠——>无...

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2019/02/13 12:52

quast-lg

1、官网简介 http://cab.spbu.ru/software/quast-lg/ QUAST- lg是QUAST的一个扩展,用于评估大型基因组装配(直至哺乳动物大小)。QUAST- lg从5.0.0版本开始包含在QUAST包中(下载最新版本)。像往常一样运行QUAST,不要忘记在您的命令中添加‐large选项! 新功能的简短列表(参见所有更改): 通过使用新的快速比对(minimap2)和重构对齐分析模块,显著提高了速度 新的基于k-mer的评估基因组完整性和正确性度量 BUSCO增加了无参评估 上...

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发表于AI & 大数据专区
2020/07/25 17:00

51篇最新CV领域综述论文速递!涵盖14个方向:目标检测/图像分割/医学影像/人脸识别等方向

点击上方“AI算法与图像处理”,选择加"星标"或“置顶” 重磅干货,第一时间送达 来源:极市 【导读】 本文共汇总了从2020年4月至今的计算机视觉领域综述性论文,共 54 篇,涵盖图像分割、 图像识别、人脸识别/检测、医学影像、目标检测、3D方向(自动驾驶/深度估计)、GAN、文本检测与识别、姿态估计等 14 个研究方向。文末附 所有论文打包下载 。 图像分割 【1】Unsupervised Domain Adaptation in Semantic Segmentation: a ...

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2020/07/24 23:29

51篇最新CV领域综述论文速递!涵盖14个方向:目标检测/图像分割/医学影像/人脸识别等方向

【导读】 本文共汇总了从2020年4月至今的计算机视觉领域综述性论文,共 54 篇,涵盖图像分割、 图像识别、人脸识别/检测、医学影像、目标检测、3D方向(自动驾驶/深度估计)、GAN、文本检测与识别、姿态估计等 14 个研究方向。 在"我爱计算机视觉"公众号后台回复“ CV 综述 ”,即可收到此54篇论文完整版下载。 图像分割 【1】Unsupervised Domain Adaptation in Semantic Segmentation: a Review 标题:语义分割中的无监督自适应...

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