Canu 源于 Celera Assembler，设计用于高噪声单分子测序工具，比如 PacBio RSII 和 Oxford Nanopore MinION。
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2019/11/25 17:30
本文分享自微信公众号 - 小明的数据分析笔记本（gh_0c8895f349d3）。 如有侵权，请联系 support@oschina.cn 删除。 本文参与“OSC源创计划”，欢迎正在阅读的你也加入，一起分享。
2020/09/23 16:22
阿里云最佳实践频道：【点击查看更多上云最佳实践】 这里有丰富的企业上云最佳实践，从典型场景入门，提供一系列项目实践方案，降低企业上云门槛的同时满足您的需求！ 场景描述 本文介绍如何基于批量计算服务提供的WDL-Canu解决方案，进行三代基因组组装的最佳实践。 解决问题 不更改Canu的使用习惯，基于云基础设施环境在云端进行三代组装。 充分利用云端基础设施弹性、灵活的优势。 以Workflow Description Language（WDL）优...
2020/08/12 16:36
文章题目 PacBio-Based Mitochondrial Genome Assembly of Leucaena trichandra (Leguminosae) and an Intrageneric Assessment of Mitochondrial RNA Editing 发表期刊、单位、年份 GBE Genome Biology and Evolution Accepted: August 17, 2018 New Mexico State University Department of Systematic and Evolutionary Botany, University of Zurich, Switzerland（苏黎世大学） 论文本地存储名：evy179.pdf 现阶段还是重点关...
2019/05/14 15:46
三代测序及基于三代数据的基因组组装流程评估 2018-04-04 12:13 名词解释 1D：ONT平台仅测一个DNA分子的一条链，测序通量比2D高但准确率低于2D序列。 2D：bi-directional reads即ONT平台测DNA分子的正负两链并互相矫正合并的测序数据。 OLC：Overlap-Layout-Consensus算法，先查找全部序列的重叠区域（overlap），基于重叠区域可以获得全部序列的布局图（layout），最终依此预测一致性序列（consensus），该算法为一/三代测序（...
2019/10/18 09:56
相较于其他三代四代数据组装软件（Canu（也可用于纠错），smartdenovo，miniasm，Flye，TULIP，FALCON，FALCON-unzip等） wtdbg有如下优点： 安装运行简单 (可用run_wtdbg_assembly.sh脚本生成运行脚本)，运行速度快, 运行内容：一步组装，两轮纠错 “--edge-min”值对基因大小影响特别大，在基因组复杂度低和测序深度大的情况下可提高该值，可降低运行内存和运行时间。（仅进行第一轮组装） [2] wtdbg2软件使用[2,3]： 提供参数...
2020/01/04 22:59
文章 Assembly of chloroplast genomes with long- and short-read data: a comparison of approaches using Eucalyptus pauciflora as a test case 2018 BMC Genomics Australian National University 研究内容 以Eucalyptus pauciflora为例，探索组装叶绿体基因组最有效的方法 DNA提取测序 二代测序 leaves total DNA 150bp paired-end sequencing with a roughly 400 bp insert size 质控 三代测序 High molecular weight DN...
2019/11/21 14:09
本文是之前配置jetson nano时自己做的记录，发出来也是为了方便自己以后查看。 没有为了发博客专门整理，有些地方也许会对别人不适用。 本人在配置过程中也看了很多东西，有的有用，有的没用。整理的这些也是自己试过可以成功配置的方法，感兴趣的看下参考就好了。 1 硬件 拆散热器——>装网卡（天线看情况选装，无外壳先不装了）——>装散热器——>装风扇——>风扇接电。 用跳线帽插在J48引脚上，以使用DC电源。 接键鼠——>无...
2019/02/13 12:52
1、官网简介 http://cab.spbu.ru/software/quast-lg/ QUAST- lg是QUAST的一个扩展，用于评估大型基因组装配(直至哺乳动物大小)。QUAST- lg从5.0.0版本开始包含在QUAST包中(下载最新版本)。像往常一样运行QUAST，不要忘记在您的命令中添加‐large选项! 新功能的简短列表(参见所有更改)： 通过使用新的快速比对(minimap2)和重构对齐分析模块，显著提高了速度 新的基于k-mer的评估基因组完整性和正确性度量 BUSCO增加了无参评估 上...
发表于AI & 大数据专区
2020/07/25 17:00
点击上方“AI算法与图像处理”，选择加"星标"或“置顶” 重磅干货，第一时间送达 来源：极市 【导读】 本文共汇总了从2020年4月至今的计算机视觉领域综述性论文，共 54 篇，涵盖图像分割、 图像识别、人脸识别/检测、医学影像、目标检测、3D方向（自动驾驶/深度估计）、GAN、文本检测与识别、姿态估计等 14 个研究方向。文末附 所有论文打包下载 。 图像分割 【1】Unsupervised Domain Adaptation in Semantic Segmentation: a ...
发表于AI & 大数据专区
2020/07/24 23:29
【导读】 本文共汇总了从2020年4月至今的计算机视觉领域综述性论文，共 54 篇，涵盖图像分割、 图像识别、人脸识别/检测、医学影像、目标检测、3D方向（自动驾驶/深度估计）、GAN、文本检测与识别、姿态估计等 14 个研究方向。 在"我爱计算机视觉"公众号后台回复“ CV 综述 ”,即可收到此54篇论文完整版下载。 图像分割 【1】Unsupervised Domain Adaptation in Semantic Segmentation: a Review 标题：语义分割中的无监督自适应...
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