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OpenMM 获得 2021 年度 OSC 中国开源项目评选「最佳人气项目」 !
授权协议 MIT、LGPL
开发语言 C/C++ Python Fortran
操作系统 跨平台
软件类型 开源软件
所属分类 程序开发数学计算
开源组织
地区 不详
投 递 者 terenceyhj
适用人群 未知
收录时间 2021-03-02

软件简介

OpenMM 是一个用于分子模拟的高性能工具包。可以将其用作库调用或作为独立程序运行。

此工具包还包含适用于 Python、C、C++ 与 Fortran 的语言绑定。

这一工具包具有极高的灵活性与速度,通过 GPU 加速以及 AMD、NVIDIA 和 Intel 集成 GPU 的优化实现了卓越的性能。

基准测试:

快速使用(Python):

from simtk.openmm.app import *
from simtk.openmm import *
from simtk.unit import *
from sys import stdout

pdb = PDBFile('input.pdb')
forcefield = ForceField('amber99sb.xml', 'tip3p.xml')
system = forcefield.createSystem(pdb.topology, nonbondedMethod=PME, nonbondedCutoff=1*nanometer, constraints=HBonds)
integrator = LangevinIntegrator(300*kelvin, 1/picosecond, 0.002*picoseconds)
simulation = Simulation(pdb.topology, system, integrator)
simulation.context.setPositions(pdb.positions)
simulation.minimizeEnergy()
simulation.reporters.append(PDBReporter('output.pdb', 1000))
simulation.reporters.append(StateDataReporter(stdout, 1000, step=True, potentialEnergy=True, temperature=True))
simulation.step(10000)
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代码

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