Uniprot

unioffice 是一个纯 Go 的开源库,实现对 Office Word、Excel 和 PowerPoint 文件的创建和处理功能。 其目标是成为一个兼容性最强,性能最好的 Go 语言 Office 文档处理库。 当前的功能: Documents (docx) [Word] Read/Write/Edit Formatting Images Tables Spreadsheets (xlsx) [Excel] Read/Write/Edit Cell formatting including conditional formatting Cell validation (drop down combobox, rules, etc.) Retrieve cell ...

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[博客] Uniprot数据库

https://my.oschina.net/u/4362820/blog/3575023

Uniprot数据库是Universal Protein的英文缩写,是信息最丰富、资源最广的蛋白质数据库。 UniprotKB由两部分组成: UniProtKB/Swiss-Prot 高质量的、手工注释的、非冗余的数据集,这些数据都是...

2019/04/13 00:00

[博客] 初识Uniprot API

https://my.oschina.net/u/4323347/blog/3467696

Uniprot,全名Universal Protein,其整合了Swissprot、TrEMBL和PRI-PSD三大数据库,是目前使用非常广泛的蛋白质数据库 常规物种的蛋白质组学研究一般会使用Uniprot数据库的蛋白序列作为查库序...

2019/07/11 00:00

[博客] Nr,GenBank, RefSeq, UniProt 数据库的异同

https://my.oschina.net/u/4326196/blog/4031882

Nr,GenBank, RefSeq, UniProt 数据库的异同 有的文章在做DEG分析时,会把reads比对到RefSeq的转录组上。我也没搞清楚这和直接比对到常规转录组上有什么区别。 文章:Single-Cell Transcripto...

2018/03/26 00:00

[博客] KEGG pathway注释过程

https://my.oschina.net/u/4318177/blog/3369589

KEGG mapper: 输入:cufdiff生成的差异基因列表(log2fold_change的绝对值>1, pvalue<0.01) 目的:在KEGG网站中,利用KEGG mapper工具进行pathway注释。 过程: 1. ID转换:将gene symbol...

2019/10/17 00:00

[博客] SMART:蛋白质结构域数据库

https://my.oschina.net/u/4580290/blog/4620800

05/07 00:00

[软件] Bio4j - 生物信息学图数据库

https://www.oschina.net/p/bio4j

Bio4j是一个基于生物信息学图的数据库,包括UniProt KB(SwissProt+ Trembl),基因本体论(GO)的,UniRef(50,90,100)的RefSeq,和NCBI分类中的大多数数据。 (准备稿)。 Bio4j is a bio...

[博客] 转录因子预测-oPOSSUM 3.0的使用教程

https://my.oschina.net/u/4388335/blog/3322087

oPOSSUM 3.0的介绍 oPOSSUM是一个网页工具,用来检测检测基因或序列中over-presented的保守转录因子结合位点和结合位点组合。 网址:http://opossum.cisreg.ca/oPOSSUM3/ oPOSSUM3.0的使用 ...

2019/12/30 00:00

[博客] 详解如何获取物种所有基因对应的GO注释

https://my.oschina.net/u/4580290/blog/4620653

> select(org.Hs.eg.db, keys = k, columns = c("GO", "ONTOLOGY"), keytype="ENTREZID")'select()' returned 1:many mapping between keys and columns ENTREZID GO EVIDENCE ONTOLOGY1 1 G...

01/24 00:00

[博客] 常用生物信息 ID 及转换方法

https://my.oschina.net/u/4416801/blog/3468332

众多不同的数据库所采用的对 Gene 和 Protein 编号的 ID 也是不同的, 所以在使用不同数据库数据的时候需要进行 ID 转换. 常用数据库 ID ID 示例 ID 来源 ENSG00000116717 Ensemble ID GA45A_...

2019/07/11 00:00

[博客] NLP标注工具brat 配置文件说明

https://my.oschina.net/u/4354518/blog/3366199

快速搭建brat 通过docker: 启动会拉取镜像,耐心等待,然后打开IP:38080,使用brat,brat登录 braf 的四类配置文件 the configuration of an annotation project is controlled by four fil...

2019/10/21 00:00

[博客] 常用数据库ID格式

https://my.oschina.net/u/4368086/blog/3828413

转自:http://www.biotrainee.com/thread-411-1-1.html 常用数据库 ID ID 示例 ID 来源 ENSG00000116717 Ensemble ID GA45A_HUMAN UniProtKB/Swiss-Prot, entry name A5PJB2_BOVIN UniProtK...

2018/09/12 00:00

[博客] 关于基因ID的二三事

https://my.oschina.net/u/4592422/blog/4435590

对于一个基因而言,我们经常使用的,同时在文章里面能看到的还是基因名。例如: TP53, RNF180。这样的名字,是这个基因功能+编号的简写。例如TP53就是Tumor Protein P53的简写,RNF180是Ring ...

06/03 00:00

[博客] 关于基因ID的二三事

https://my.oschina.net/u/4592422/blog/4517321

Geneshot (上): 我的这个研究方向到底有哪些基因被研究过?2020-06-01 Geneshot (下) : 这么多基因哪个基因更有创新性呢?2020-06-01

08/20 00:00

[博客] 生物信息基本工具和数据库

https://my.oschina.net/u/4300922/blog/3519997

生物信息的工具和数据库太多,但有一些基础的工具是必须精通的,甚至需要经常翻阅寻找灵感。 通用数据库: UCSC Genome Browser - 基因组的可视化 OMIM - Online Mendelian Inheritance in M...

2019/05/29 00:00

[博客] Database in BioInformation

https://my.oschina.net/u/4258161/blog/3905273

很多数据库都可以通过下面的网站下载:http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/user-guide/download/ 一、NHLBI-ESP(Exome Sequencing Project)  国家心肺和血液研究所外显子组...

2018/07/16 00:00

[博客] 蛋白组数据库推荐 | 正在做疾病相关蛋白磷酸化研究?可以试试这个数据库...

https://my.oschina.net/u/4594634/blog/4445380

本文分享自微信公众号 - 国家基因库大数据平台(close3080908629)。 如有侵权,请联系 support@oschina.cn 删除。 本文参与“OSC源创计划”,欢迎正在阅读的你也加入,一起分享。...

07/09 00:00

[博客] Biopython SeqIO 读取序列文件,读取信息,写入序列

https://my.oschina.net/u/4317554/blog/4234960

Biopython 1.序列赋值 转录(反转录) 翻译 反向互补 2.读取序列文件,识别序列的属性信息。SeqRecord提供序列及其注释的容器 属性: seq :一条生物序列 id:基本ID,标识这条序列 name:常用...

2018/02/12 00:00

[博客] 转录组数据库介绍

https://my.oschina.net/u/4325061/blog/4017201

一、nt和nr数据库 nt库和nr库大家都比较熟悉,一个核酸库,一个蛋白库,两者既可以通过NCBI进行在线BLAST,也可以在ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db地址中将如下文件下载后,进行 本地BLAST...

2018/04/07 00:00

[博客] 如何快速了解一个人体基因的所有信息 (一)

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写在前面 在进行基因相关研究的时候,我们经常需要查询了解基因的相关功能,才能知道我们要往哪里进行下一步研究。对于基因功能的查询,我们介绍过ncbi的gene数据库,同样的之前的gene id转换...

06/10 00:00

[博客] vcf2maf

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1. install VEP (1) prerequisite su apt-get update apt-get upgrade apt-get install -y perl #perl packages install cpanm DBI cpanm Archive::Zip cpanm DBD::mysql (no DBD:mysql in c...

2019/05/16 00:00
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