DADA2

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[博客] ubiome类似数据dada2处理探索5

https://my.oschina.net/u/3159798/blog/4345914

前面我们探索了处理不能拼接的V4 PE150数据,首先双向reads根据质量情况分别切成120bp,然后使用dada2 R包进行了直接+10N拼接,生成ASV表,再分别使用dada2包,decipher包和qiime2进行了物种...

01/26 00:00

[博客] ubiome类似数据dada2处理探索2

https://my.oschina.net/u/3159798/blog/4345926

2020的钟声即将敲响,在这里提前祝大家新年快乐!希望大家在新的一年里一切都好!还是接着之前的事说,首先,在researchgte网站上发现了一个小“新大陆[1]”,说可以把不能很好拼接的数据直接...

2019/12/31 00:00

[博客] ubiome类似数据dada2处理探索6

https://my.oschina.net/u/3159798/blog/4345911

接着前面的内容,这里再进行下数据库的处理,看看从参考数据库就按测序数据处理是不是能提高物种注释的精度。这里先预报一下,种的分类结果并不能有明显的提升,或许是因为序列长度的缺陷,即...

02/02 00:00

[博客] ubiome类似数据dada2处理探索7

https://my.oschina.net/u/3159798/blog/4345910

前面做的许多处理基本上自己拼凑来的,下面再看下完整解决方案。researchgate网站上有人说qiime1版本有这个双向数据配对不拼接的选项?这个没找到。主要发现了有两个方案,一个是有篇文章提出...

02/06 00:00

[博客] ubiome类似数据dada2处理探索4

https://my.oschina.net/u/3159798/blog/4345919

前面我们探索了处理不能拼接的V4 PE150数据,首先双向reads根据质量情况分别切成120bp,然后使用dada2 R包进行了直接+10N拼接,生成ASV表,再分别使用dada2包和qiime2进行了物种注释,基本上...

01/10 00:00

[博客] ubiome类似数据dada2处理探索3

https://my.oschina.net/u/3159798/blog/4345924

1.导入qiime2前的准备 我简单处理了下otu序列和表,使它们能导入qiime2,应该是一行shell代码解决的,shell水平不行,python来顶了。 2.qiime流程走一回 基本上是参考官方文档和宏基因组微信...

01/02 00:00

[博客] PeerJ: 三种降噪算法DADA2, UNOISE3和Deblur的比较

https://my.oschina.net/u/4579341/blog/4346854

不同算法在四种mock community中的物种数。open-reference 97% OTU永远是最多的。虚线为理论值,表明所有算法在处理低多样性的群落时都不准确。 不同算法得到群落的相对丰度类似 左图,三种环...

2019/07/22 00:00

[博客] Distanced: 效果优于DADA2和Deblur的α多样性算法

https://my.oschina.net/u/4579341/blog/4346685

本研究开发了一个新工具,Distanced,使用Bayesian算法,用于评价序列之间的差异,准确评估α多样性。结果表明其准确定优于DADA2和Deblur。 该方法基于mean pairwise distance (MPD),MPD也属...

2019/09/15 00:00

[博客] 微生物组分析软件 QIIME 2 安装小记

https://my.oschina.net/u/2376520/blog/4538595

2018/09/19 00:00

[博客] qiime2-2019.4更新学习笔记

https://my.oschina.net/u/3159798/blog/4345969

q2cli 1.在查看插件的详细信息时清理 –version 输出! 2.将多个小时的血液、汗水和眼泪投入到清理q2cli体验中,变化包括: 1)--cmd-config 已经被删除了(它没有得到充分的记录,并且增加了...

2019/05/05 00:00

[博客] QIIME2又双叒叕更新了

https://my.oschina.net/u/3159798/blog/4345824

更新亮点都有啥呢?大概是几个命令和以前不一样了。以下是发布详细信息: QIIME 2 2020.6 版本现已发布!感谢所有参与的辛勤工作! 提醒一下,我们计划发布的 QIIME 2 计划于 2020 年 8 月发...

07/03 00:00

[博客] 所有文章分类合集1文献解读(至2019.11.30)

https://my.oschina.net/u/4579341/blog/4346502

bioRxiv上的生物学期刊发表情况 EM-无重复的结果 = 欺骗 ? EM:环境微生物领域一些实用网站 Ecology letters: 重复还是不重复—这不应该是一个问题 FEMS综述——土壤微生物生态学的已知和未...

2019/11/30 00:00

[博客] LULU:对OTU进行过滤的算法,得到更准确的群落多样性

https://my.oschina.net/u/4579341/blog/4346832

一个环境工程专业却做生信分析的深井冰博士,深受拖延症的困扰。想给自己一点压力,争取能够不定期分享学到的生信小技能,亦或看文献过程中的一些笔记与小收获,记录生活中的杂七杂八。 目前...

2019/08/25 00:00

[博客] Frontiers: QIIME参数对分析结果的影响

https://my.oschina.net/u/4579341/blog/4347013

Quantitative Insights Into Microbial Ecology (QIIME)广泛应用于微生物群落的分析。本研究利用模拟群落(mock community)研究了QIIME默认参数对分析结果的影响。模拟群落包括8个原核生物和2...

2019/05/17 00:00

[博客] QIIME2图形界面版(Q2STUDIO)学习笔记二

https://my.oschina.net/u/3159798/blog/4346023

在装好了q2studio后很困惑,所有的插件都是灰色的,即使切换到有数据的文件夹,一直以为是我的报错($JAVA_HOME找不到)导致的。由于报错,我还尝试了好几个版本进行测试,可是悲剧的是都有问...

2018/05/22 00:00

[博客] 所有文章分类合集1文献解读(至2020.06)

https://my.oschina.net/u/4579341/blog/4346256

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07/01 00:00

[博客] QIIME 2 2020.8更新学习

https://my.oschina.net/u/3159798/blog/4549944

09/06 00:00

[博客] 功能基因聚类阈值

https://my.oschina.net/u/4579341/blog/4346410

但是!功能基因由于聚类方法的不同,以及功能基因本身的差异,其阈值应该有所差异。不过目前研究中的阈值似乎非常混乱。举几个例子说明: 这5篇是将nifH基因转化为氨基酸序列之后95%的阈值进...

02/25 00:00

[博客] 16S流程知多少

https://my.oschina.net/u/3159798/blog/4345837

16S流程的选择还真不少,除了引用最多的qiime流程,u/vsearch(usearch是一人一已之力单挑学术界)和mothur(用的人越来越少的感觉),最近又发现了一两个流程,一并分享给大家。 lotus 一个...

06/07 00:00

[博客] MycoKeys:不同分析平台带来的ITS测序结果的差异

https://my.oschina.net/u/4579341/blog/4346803

a. Illumina; b PacBio. 去掉singletons 数字为剩余的reads数 NA: indicate not available; NP: not performed. 不同平台稀释曲线差异很大。两个数据集内部不同方法都存在显著差异。 a.不同平...

2019/08/29 00:00
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