bio-ESMD（biological Exa-Scale Molecular Dynamics）是一款针对神威系列处理器开发的分子动力学模拟软件。其前身是基于神威·太湖之光的分子动力学性能测试实现 ESMD。与常见的分子动力学模拟软件不同，ESMD 和 bio-ESMD 都使用了完全的格点索引实现，也就是，纯正的无邻接表实现，以在 SW26010的DMA+GLD/ST 框架下将其访存性能发挥到极致，从而为后续的计算优化提供机会。
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